马来西亚理科大学优势学科有多媒体计算、网络计算、软件工程、智能系统、数学、数学模型、应用统计学、数学与经济学、特殊教育、学前教育、城市与区域规划、建筑学、室内设计、建筑技术、建筑管理等专业。马来西亚理科大学USM在51类细分学科中有21类优势学科排名进入TOP300。USM的学科建设发展均衡，21类优势学科全面涉及五大学术领域。
优势专业
药剂及药理学专业
马来西亚理科大学药学院，提供药物化学、制药技术、药理学、生理学、临床药学以及社会和管理药学等多门，在2021年QS世界大学学科排名当中药剂与药理学专业排名当中位列第75位。
建筑学及建筑环境专业
马来西亚理科大学住房、建筑和规划学院是马来西亚理科大学的热门学院之一，学院开设了建筑、室内设计、建筑测量、建筑技术、施工管理、城市和区域规划以及工料测量七个本科课程，并获得了各个专业学科机构的认证。例如：马来西亚建筑师学会、马来西亚建筑师委员会、马来西亚皇家测量师学会、英国皇家特许测量师学会、亚太区工料测量师协会和马来西亚规划师学会。
除此之外住房、建筑和规划学院还提供硕士和博士学位的课程和研究，研究方向宽广，涵盖建筑技术、城市规划、项目管理、建筑、景观建筑、室内设计、住房和工料测量八大领域。在202QS世界大学学科排名当中建筑学和建筑环境专业排名第101位。
马来西亚理科大学
是马来西亚政府建立的第二所公立大学，成立于1969年7月。校园规模庞大、环境优美，被誉为亚洲的花园大学。共有3个校区组成，主校区(也叫Minden校区)和工程学校区分别位于槟城岛和槟城的大陆部分，第3个校区是医学院、牙科和保健学院，位于马来西亚东部海岸的吉兰丹。在第9个马来西亚国家计划中，大学还将在学校附近建立研究院，其中分子医学研究所是2005年首批建造的研究所之一。
2005年6月29日，理科大学被联合国大学指定为可持续发展专业技术教育的区域中心，成为继日本、加拿大、西班牙、太平洋岛国家、荷兰和德国等中心外的全球第7个区域中心。
正是因为其卓越的教学和科研水平，理科大学在国内外享有非常高的声誉，在2004年泰晤士高等教育增刊对全世界大学所做得的综合排名中，理科大学在全球大学排名中位居111位，亚洲排名第15位，东盟国家排名第4位。